Sequenziamento Shotgun
Il sequenziamento shotgun (o Whole Genome Shotgun, WGS) è la strategia di sequenziamento genomico ideata e applicata da Craig Venter e dalla sua compagnia privata Celera Genomics per completare il sequenziamento del genoma umano in parallelo rispetto al Progetto Genoma Umano.
A differenza del Sequenziamento Gerarchico, questo metodo non richiede una mappatura fisica preventiva del genoma, ma si affida a un approccio di frammentazione casuale accoppiato a una potente analisi computazionale.
Fasi del Processo
1. Frammentazione Casuale del Genoma
L’intero genoma di partenza viene frammentato in modo completamente casuale in milioni di piccoli pezzi di dimensioni ridotte.
2. Sequenziamento Massivo e Automatizzato
Ciascun piccolo frammento viene sequenziato direttamente mediante l’uso di sequenziatori automatici ad alta processività (Next-Gen sequencing). L’intero processo è altamente robotizzato, riducendo al minimo l’intervento umano diretto.
3. Assemblaggio Computazionale e Mappatura
I dati di sequenza ottenuti (chiamati reads) vengono analizzati da potenti algoritmi computerizzati al fine di identificare le sovrapposizioni e ricostruire i contig.
WARNING
Il “Caso” Celera e HGP: Per rendere possibile l’assemblaggio di una mole imponente di piccole reads senza una mappa fisica proprietaria, Celera Genomics confrontò costantemente i propri dati con il database pubblico e la mappa fisica prodotta progressivamente dall’HGP. In questo modo, l’azienda privata sfruttò i punti di riferimento (landmarks) mappati dal consorzio pubblico come guida per posizionare e riordinare correttamente i frammenti sequenziati con il metodo shotgun.
🔗 Collegamenti
- Progetto Genoma Umano — ⬆️ causa
- Sequenziamento Gerarchico — 🔄 diagnosi differenziale / confronto