Amminoacidi

Gli amminoacidi sono i monomeri che, polimerizzati, costituiscono le proteine. Sono 20 quelli codificati dal codice genetico. Tutte le proprietà di una proteina derivano dalla sequenza e dalla chimica delle loro catene laterali.

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Struttura generale

Ogni amminoacido ha un carbonio α centrale a cui sono legati quattro gruppi:

• un gruppo amminico ($-{\text{NH}}_3^{+}$),
• un gruppo carbossilico ($-{\text{COO}}^{-}$),
• un atomo di idrogeno,
• una catena laterale R, variabile, che ne definisce l’identità e le proprietà.

Residui e legame peptidico

Quando due amminoacidi si uniscono si forma il legame peptidico con una reazione di condensazione: si perde una molecola d’acqua ($-\text{OH}$ dal carbossile + $-\text{H}$ dall’ammino). L’amminoacido inserito nella catena non è quindi più “intero”: ciò che resta dopo la reazione si chiama residuo amminoacidico. Per questo nei polipeptidi (es. l’eptapeptide della coda CTD) si parla di residui e non di amminoacidi liberi.

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Classificazione per catena laterale

Classe	Esempi (sigla 3 lettere)	Caratteristica di R
Apolari / idrofobici	Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Pro, Phe, Met, Trp	catene non cariche, idrocarburiche o aromatiche; stanno nel core proteico
Polari non carichi	Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln	gruppi $-\text{OH}$, $-\text{SH}$, ammidici; formano legami idrogeno
Carichi positivi (basici)	Lys, Arg, His	gruppi amminici/guanidinici protonabili
Carichi negativi (acidi)	Asp, Glu	gruppi carbossilici aggiuntivi $-{\text{COO}}^{-}$

Residui fosforilabili

Serina (Ser), Treonina (Thr) e Tirosina (Tyr) portano un gruppo ossidrilico ($-\text{OH}$) libero sulla catena laterale: è il bersaglio della fosforilazione da parte delle chinasi. Sono i residui che fungono da “interruttore” regolativo, come nella coda CTD della Pol II.

Casi particolari utili da ricordare

• Prolina (Pro): la catena laterale si chiude ad anello sul carbonio α → introduce rigidità e piegature (orienta conformazionalmente, es. nell’eptapeptide CTD).
• Cisteina (Cys): il suo $-\text{SH}$ forma ponti disolfuro che stabilizzano la struttura terziaria.

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🔗 Collegamenti

• Proteine — 📋 fa parte di
• Struttura delle Proteine — ➡️ evoluzione / progressione
• Fosforilazione — 🔗 stesso meccanismo / stessa via
• Coda CTD e Mediatore — 🔗 stesso meccanismo / stessa via
• Codice Genetico — 🔗 stesso meccanismo / stessa via