Terminazione Intrinseca
La terminazione intrinseca (o terminazione Rho-indipendente) è un meccanismo di terminazione della trascrizione nei procarioti che avviene senza l’intervento di fattori proteici aggiuntivi al di fuori della stessa RNA polimerasi e delle sequenze nucleotidiche del DNA.
Meccanismo Molecolare
Il processo si fonda su due elementi strutturali consecutivi codificati sul DNA stampo:
1. La Sequenza Palindromica (Formazione della Forcina)
- Struttura: Il DNA stampo presenta una sequenza palindromica (ovvero leggibile allo stesso modo in direzione 5’ 3’ sui due filamenti antiparalleli).
- Effetto sul trascritto: Quando l’RNA polimerasi trascrive questa sequenza, le basi complementari presenti sul singolo filamento di RNA neosintetizzato si appaiano rapidamente tra loro, ripiegando il filamento e formando una struttura a forcina (o loop).
- Ingombro sterico: Questa struttura secondaria rigida e non lineare disturba la stabilità conformazionale dell’RNA polimerasi. Non riuscendo a far scorrere la forcina al proprio interno, l’enzima si arresta sul DNA.
2. La Coda Poli-U (Dissociazione dell’Ibrido)
- Struttura: Immediatamente a valle della sequenza palindromica, sul DNA stampo è presente una sequenza ricca di Adenine (A), che viene trascritta in una coda di Uracili (U) sull’RNA (circa 8-12 nucleotidi).
- Pausa trascrizionale: Bloccata dalla forcina, l’RNA polimerasi sperimenta una pausa prolungata di circa 60 secondi, un tempo estremamente lungo per la cinetica enzimatica cellulare.
- Instabilità termodinamica: Durante questo stallo, l’unico punto di contatto molecolare che mantiene uniti il DNA stampo e il trascritto di RNA è l’ibrido formato dalla coda di Uracili appaiata con le Adenine del DNA. Poiché l’appaiamento U-A forma solo due legami idrogeno (a differenza dei tre legami dell’appaiamento G-C), l’affinità termodinamica tra i filamenti è minima e non è in grado di sostenere il peso dello stallo dell’enzima.
- Distacco: L’ibrido U-A si dissocia spontaneamente, l’RNA neosintetizzato si allontana dal sito attivo e il doppio filamento di DNA stampo si richiude (rinatura). Rimasta priva di substrati ancorati, l’RNA polimerasi si stacca dal DNA completando il processo.
🔗 Collegamenti
- Trascrizione — 📋 fa parte di
- RNA Polimerasi Batterica — 🔗 stesso meccanismo / stessa via
- Terminazione Rho-dipendente — 🔄 diagnosi differenziale / confronto