Terminazione Rho-dipendente
La terminazione Rho-dipendente è un meccanismo di terminazione della trascrizione nei procarioti mediato dall’attività catalitica di una proteina accessoria regolatrice denominata proteina Rho.
Componenti Molecolari
Il meccanismo richiede tre componenti fondamentali:
- La Proteina Rho: È un complesso proteico multimerico (struttura esamerica) che agisce come una elicasi specifica per gli ibridi DNA-RNA. Sfruttando l’energia dell’idrolisi dell’ATP, Rho è in grado di legarsi al filamento singolo di RNA e scorrere su di esso, separando i legami idrogeno che lo tengono associato al DNA stampo.
- La Sequenza RUT (Rho Utilization Site): È una sequenza nucleotidica presente sul DNA stampo che, quando viene trascritta in RNA, definisce il sito di aggancio ad alta affinità per il monomero/esamero di Rho.
- La Forcina di Rallentamento: Una sequenza palindromica situata a valle del sito RUT che, una volta trascritta, si ripiega a formare una forcina sull’RNA. Questa struttura a forcina è termodinamicamente meno stabile rispetto a quella della terminazione intrinseca e non è in grado da sola di provocare il distacco dell’RNA polimerasi.
Meccanismo di Funzionamento
Il processo si sviluppa secondo le seguenti fasi cinetiche:
- Aggancio: L’RNA polimerasi trascrive la sequenza RUT. La proteina Rho riconosce il sito RUT esposto sul trascritto singolo filamento e vi si lega saldamente.
- Inseguimento: Rho inizia a camminare lungo il filamento singolo di RNA muovendosi in direzione 5’ 3’ (inseguendo l’RNA polimerasi che sta continuando a sintetizzare l’RNA più avanti).
- Pausa della Polimerasi: L’RNA polimerasi incontra la sequenza palindromica a valle e trascrive la forcina. L’ingombro sterico della forcina rallenta sensibilmente lo scorrimento dell’enzima sul DNA.
- Contatto e Svolgimento: Il rallentamento della polimerasi permette a Rho di colmare il distacco e raggiungere la bolla di trascrizione. Una volta giunta a contatto con l’ibrido DNA-RNA interno all’enzima, Rho esercita la sua attività elicasica separando chimicamente il filamento di RNA dal filamento stampo di DNA.
- Dissociazione: A causa dello svolgimento dell’ibrido, il legame tra RNA e DNA si rompe definitivamente, il trascritto viene rilasciato e la bolla di trascrizione si richiude, provocando la dissociazione dell’RNA polimerasi e l’arresto del processo.
🔗 Collegamenti
- Trascrizione — 📋 fa parte di
- RNA Polimerasi Batterica — 🔗 stesso meccanismo / stessa via
- Terminazione Intrinseca — 🔄 diagnosi differenziale / confronto