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Copy Number Variation

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Copy Number Variation

Le CNV (copy number variations) sono variazioni nel numero di copie di regioni del genoma. Quando l’array-CGH viene eseguita anche su individui sani, identifica varianti numeriche: esiste quindi una vera e propria classe di polimorfismi dovuti alla presenza di CNV, di dimensioni varie e contenenti geni funzionanti.

Questi polimorfismi sono per certi versi più importanti dei polimorfismi a singolo nucleotide, perché generano una varietà interindividuale molto maggiore. Dal punto di vista diagnostico, però, rendono difficile capire se una CNV identificata sia polimorfica o patologica:

  • Molte CNV sono polimorfiche, anche quando de novo.
  • Molte CNV possono essere patologiche.
  • Alcune CNV sono associate a un aumento della suscettibilità a patologie complesse.

Le CNV nelle diagnosi

Ognuno di noi presenta almeno 7 CNV rare, alcune ereditate e altre nuove. Quando con l’array-CGH si trovano, per esempio, 10 CNV in un paziente, bisogna capire quale sia patologica. Esiste un database in cui sono annotate tutte le CNV trovate nei soggetti normali/sani: consultandolo, ci si concentra solo sulle CNV rare non presenti nel database.

Esempi

  • Cancro alla prostata. Una delezione che coinvolge un gene associato all’insorgenza di cancro alla prostata genera una CNV. Le popolazioni asiatiche hanno una suscettibilità molto minore rispetto alle caucasiche: gli asiatici presentano la delezione del gene, con conseguente diminuzione dei livelli di testosterone nelle urine. Alti livelli di testosterone nelle urine sono indice di cancro alla prostata; i caucasici, privi della delezione, hanno livelli più alti e quindi un rischio maggiore.

  • Atrofia muscolare spinale (SMA). Malattia con terapia disponibile, va diagnosticata subito alla nascita per bloccarne la progressione. Il gene coinvolto è SMN1; vicino ad esso si trova il gene SMN2, una CNV che indica la severità della patologia. La malattia si manifesta con la delezione di SMN1, che spesso comprende anche SMN2. Maggiore è il numero di copie di SMN2, minore è la gravità: se si hanno tante copie di SMN2 significa averne anche di SMN1.

  • Resistenza all’HIV (CCL4). Una CNV riguarda una regione che codifica per la citochina CCL4, antagonista del virus HIV: entrambe le molecole interagiscono con il corecettore dell’HIV che ne permette l’ingresso nei linfociti T. C’è quindi una correlazione tra resistenza all’HIV e numero di copie del gene per questa citochina.

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