Med — Knowledge Base

SNP

3 minuti

SNP

Un SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo a singolo nucleotide) è una variazione del DNA a livello di una singola base azotata. Rappresenta la forma più comune di polimorfismo biallelico nel genoma umano. A differenza dei RFLP, la sostituzione nucleotidica di un SNP non determina necessariamente la creazione o la distruzione di un sito di restrizione enzimatica.

Gli SNP sono estremamente frequenti: il 93% dei geni umani contiene almeno un SNP e il 98% dei geni si trova a una distanza inferior a 5 kilobasi (kb) da un SNP.

Classificazione Funzionale

In base alla loro localizzazione genomica, gli SNP si dividono in:

  • Codificanti (cSNP): Situati all’interno degli esoni. Si suddividono in:
    • Sinonimi: La sostituzione nucleotidica non modifica l’amminoacido codificato (silenti), a causa della ridondanza del codice genetico.
    • Non sinonimi: La sostituzione nucleotidica determina un cambio amminoacidico (missenso) o l’introduzione di un codone di stop (nonsense).
  • Non codificanti: Localizzati in regioni regolatorie o non tradotte:
    • Intronici: Possono influenzare lo splicing dell’RNA.
    • Regioni 5’UTR e 3’UTR: Possono alterare la stabilità dell’mRNA o l’efficienza della traduzione.
    • Regioni regolatorie (promotori/enhancer): Possono influenzare i livelli di espressione genica (es. i polimorfismi del gene MCM6 che regolano la Persistenza della Lattasi).

Progetti Internazionali e Mappatura

L’identificazione e la catalogazione sistematica degli SNP a livello mondiale sono state condotte tramite progetti collaborativi:

  • Progetto HapMap: Ha consentito la mappatura sistematica di migliaia di SNP nel genoma.
  • Progetto 1000 Genomes: Avviato con l’obiettivo di sequenziare il genoma di almeno 1000 individui sani appartenenti a popolazioni etnicamente diverse per mapparne la variabilità nucleotidica. Ad oggi, l’analisi di circa 2500 genomi ha permesso di identificare 84,4 milioni di variazioni di sequenza. Lo studio delle frequenze alleliche globali definisce se una data variante sia un polimorfismo comune (frequenza ) o una mutazione rara ().

Caratteristiche Generali

  • Biallelici: Presentano solo due forme alleliche nella popolazione.
  • Trasmessi per ereditarietà mendeliana classica.
  • Tipizzabili su larga scala tramite sistemi automatizzati ad alta tecnologia (microarray o DNA chip, Next Generation Sequencing - NGS).

Aplotipi e Applicazioni in Farmacogenetica

La caratterizzazione degli aplotipi basata su pannelli di SNP trova una delle sue principali applicazioni nella farmacogenetica per la personalizzazione delle terapie mediche:

  • In un trial clinico, si confrontano gli SNP e gli aplotipi di soggetti che rispondono positivamente a un farmaco rispetto a quelli che mostrano tossicità o mancata efficacia.
  • Si identificano specifici profili aplotipici (es. SNP associati all’efficacia clinica, evidenziati in arancione nell’immagine) correlati alla risposta farmacologica.
  • Tipizzando preventivamente il paziente, il clinico può determinare se l’individuo risponderà positivamente alla terapia ed evitare la somministrazione di farmaci inefficaci o dannosi.

🔗 Collegamenti

Vista grafico

Link entranti