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Interpretazione delle Varianti (Criteri SIGU e Classificazione ACMG)

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Interpretazione delle Varianti (Criteri SIGU e Classificazione ACMG)

Il vero problema non è produrre dati

Produrre dati di sequenza non è più un problema. Il problema è interpretare le varianti: dalla lista che emerge come output di un esperimento NGS occorre capire quali varianti sono utili al clinico che studia quel paziente e quali invece non c’entrano nulla con la sua condizione.

Si producono molti dati di sequenziamento che non corrispondono sempre a diagnosi. Diagnosi significa che la variante trovata è coerente con il resto della storia clinica e strumentale, cioè con tutti i dati raccolti.

Sulla produzione di dati di qualità esistono strategie di consenso condivise; sull’interpretazione clinica delle varianti, invece, non esistono riferimenti applicati e condivisi pienamente. Qui si inserisce il ruolo dei centri di riferimento per le singole patologie: qualunque ospedale o laboratorio è in grado di produrre varianti, ma ottenere diagnosi sicure e utili per il paziente richiede esperienza e strumenti di valutazione, anche funzionale, non disponibili ovunque.

Esempio di variante missenso: un nucleotide (adenina) è sostituito da un altro (citosina), con inserimento di un amminoacido errato nella proteina. Fonte: Wikimedia Commons (U.S. National Library of Medicine, Public domain).

Quali varianti vanno riportate sul referto

Secondo le linee guida della Società Italiana di Genetica Umana (SIGU) le varianti riportate sul referto dovrebbero essere:

  • coerenti con il quesito clinico, cioè con la motivazione per cui il test è stato eseguito;
  • coerenti con le caratteristiche della malattia: incidenza, modello di ereditarietà;
  • coerenti con i meccanismi eziopatogenetici. Se è noto che una patologia è legata a mutazioni che impediscono la produzione della proteina, una variante che cambia un amminoacido senza compromettere l’espressione della proteina può essere rara ma non rispetta il criterio patogenetico noto per quella malattia;
  • coerenti con gli aspetti epidemiologici: tendenzialmente non si riportano varianti ad alta frequenza nella popolazione generale;
  • giudicate patogenetiche o probabilmente patogenetiche secondo i criteri ACMG.

Classificazione ACMG

Quando l’NGS ha iniziato ad affermarsi in diagnostica, il Collegio Americano di Genetica Medica (ACMG) ha definito una serie di criteri per limitare la soggettività con cui le varianti vengono riportate nei referti. La variante trovata viene classificata in cinque classi, dalla classe 5 (patogenetica) alla classe 1 (benigna).

A referto dovrebbero andare le varianti patogenetiche e probabilmente patogenetiche. In molti casi però emergono varianti di classe 3, dette varianti di significato incerto (VUS): la letteratura non fornisce evidenze sufficienti né per definirle patogenetiche né per definirle benigne. L’incertezza legata al processo di validazione è il vero problema attuale nel ricavare una diagnosi da un test genetico: le varianti siamo tutti in grado di produrle, attribuire loro un valore patogenetico non è scontato.

Riclassificazione nel tempo

Anche applicando i criteri ACMG la concordanza nella loro applicazione è limitata: molte varianti possono essere classificate in modo erroneo o essere riclassificate con il tempo.

  • Upgrade: una variante oggi di significato incerto, se dieci anni dopo viene identificata in molti soggetti con la stessa condizione del nostro paziente, viene riclassificata come patogenetica.
  • Downgrade: una variante può essere discolpata, per esempio quando si scopre che è più comune di quanto stimato e quindi priva di effetto per quel paziente. Ci sono perciò casi in cui una diagnosi acquisita, nel tempo, non lo è più.

Il referto genetico può essere riaperto e rivalutato in seguito alla rianalisi (vedi Approcci NGS - Pannello, Esoma Clinico, Esoma, Genoma).

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